Долины рек Алей и Чарыш с древнейших вреемен славились своими природными богатствами: плодородными почвами, обилием разнотравья, дичью, птицей. Реки и озера кишели рыбой. Молва о райской жизни на свободных землях Сибири докатилась до тамбовских, вологодских, харьковских, полтавских и других регионов. Тысячи крестьян в одиночку и семьями устремились за Урал. Здесь было, где разгуляться пахарю и скотоводу, рыбаку и охотнику, лесорубу и пчеловоду.
Шли десятилетия. В середине XVII- начале XVIII в. появились первые поселения по берегам рек и речушек Алтая. По Указу Екатерины II в 1763 году была проведена перепись населения, документы которой позволяют установить даты образования сел и фамилий первых переселенцев.
Порозиха - 1734 г., Самсоново - 1734 г., Усть-Порозиха - 1734 г, Тугозвоново - 1746 г., Быково -1748 г., Качусово -1748 г., Нечунаево - 1748 г., Чупино - 1748 г., Шипуново - 1748 г., Воробьево - 1749 г., Ёльцовка - 1749 г., Кособоково - 1749 г., Озерки - 1749 г, Хлопуново - 1749 г., Бестужево-1755г., Метели-1763 г.
С 1865 года территория нынешнего Шипуновского района, кроме сел Урлапово, Зеркалы и Коробеиниково, входила в состав Чарышской волости с центром в с. Белоглазово, которое появилось в 1770 году.
Летом 1914 г. на 399 километре Транссибирской магистрали был основан полустанок Шипуново, который в скором времени стал районным центром.
В границах нынешнего Шипуновского района люди жили с глубокой древности. Стоянки первобытного человека существовали 12 тысяч лет до н.э. На территории района находится более 100 курганов, относящихся к различным эпохам. В поймах рек Чарыш и Клепечиха около 10 тысяч лет назад водились гигантские мамонты, о чем свидетельствуют их кости, найденные близ сел Бестужево, Кузнечиха, Новосельское, Порожнее и Шипуново. Они экспонируются в районном краеведческом музее.
Научно доказано, что предметы обихода, орудия труда, вооружение, найденные при раскопках у села Нечунаево, относятся к IV- VIII вв.. когда в степях между предгорьями Алтая и приборовыми озерами Шуракша, Зеркальное и Урлаповское кочевали скотоводческие племена.
Около с. Тугозвоново обнаружено богатое Захоронение вождя древнего кочевого племени, относящееся к II-IV вв. Экспонаты, полученные в ходе раскопок, украшают выставочные витрины Эрмитажа.